有两种流行的结构：老的Ant & Eclipse ADT 工程结构，和新的Gradle & Android Studio 工程结构， 你应该选择新的工程结构，如果你的工程还在使用老的结构，考虑放弃吧，将工程移植到新的结构。

老的结构:

old-structure
├─ assets
├─ libs
├─ res
├─ src
│  └─ com/futurice/project
├─ AndroidManifest.xml
├─ build.gradle
├─ project.properties
└─ proguard-rules.pro

新的结构

new-structure
├─ library-foobar
├─ app
│  ├─ libs
│  ├─ src
│  │  ├─ androidTest
│  │  │  └─ java
│  │  │     └─ com/futurice/project
│  │  └─ main
│  │     ├─ java
│  │     │  └─ com/futurice/project
│  │     ├─ res
│  │     └─ AndroidManifest.xml
│  ├─ build.gradle
│  └─ proguard-rules.pro
├─ build.gradle
└─ settings.gradle

主要的区别在于，新的结构明确的分开了'source sets' (main,androidTest)，Gradle的一个理念。 你可以做到，例如，添加源组‘paid’和‘free’在src中，这将成为您的应用程序的付费和免费的两种模式的源代码。

你的项目引用第三方项目库时（例如，library-foobar），拥有一个顶级包名app从第三方库项目区分你的应用程序是非常有用的。 然后settings.gradle不断引用这些库项目，其中app/build.gradle可以引用。