建议在开发规范的独立的PHP项目时，使用规范的文件目录结构，这有助于提高项目的逻辑结构合理性，对应扩展和合作，以及团队开发均有好处。
一个完整独立的PHP项目通常的文件和目录结构如下：
/ 项目根目录
/manage 后台管理文件存放目录
/css css文件存放目录
/doc 存放项目文档
/images 所有图片文件存放路径（在里面根据目录结构设立子目录）
/scripts 客户端js脚本存放目录
/tpl 网站所有html的模版文件存放目录
/error.php 错误处理文件（可以定义到apache的错误处理中）

以上目录结构是通常的目录结构，根据具体应用的具体情况，可以考虑不用完全遵循，但是尽量做到规范化。